Tijdens het generaal kapittel van april 1903 te Schimmert maakte Henri Jouet, algemeen procurator in Rome, bekend dat de Heilige Stoel de congregatie een apostolische prefectuur had aangeboden in Colombia. Deze geste van Rome was de congregatie niet onwelkom. De beslissing over de missie in Nyasaland was nog steeds hangende. Dit onverwachte aanbod werd opgevat als een teken dat er wellicht een kentering ten goede stond aan te komen in de relatie met de Propaganda Fide. Het aanbod werd dan ook met algemene instemming aangenomen. Tegelijkertijd besloot men af te zien van Peru en de daar aanwezige paters naar elders te benoemen. Drie van hen kregen een benoeming voor Colombia, waaronder de Nederlander Damoiseaux.

Op 23 juni 1903 werd het missiegebied in Colombia officieel toevertrouwd aan de montfortanen onder de naam ‘Prefectuur van Toezicht op het oostelijk gedeelte van Columbia’ (Praefectura Intendantiae Orientalis). Deze vage benaming hield in dat de congregatie er primair een verkennende opdracht had, want het oostelijk deel van Colombia gold toen nog als een onoverzichtelijk niemandsland, waar zo spoedig mogelijk iets moest gedaan worden. Naast de drie resterende ‘Peruanen’ waren nog twee andere confraters voor Colombia bestemd: Eugène Moron - voormalig leraar filosofie en nu benoemd tot  apostolisch prefect - en broeder Cyprien (Eugène Billaud). Dit tweetal vertrok op 11 juli 1903 en bereikte Bogotá omstreeks 1 september.

Direct na zijn aankomst ging Moron zijn opwachting maken bij mgr. Herrera, aartsbisschop van Bogotá en primaat van Colombia. Het werd Herrera al snel duidelijk, dat de twee bezoekers geen enkele notie hadden van het gebied waarin ze moesten gaan missioneren. Er viel hem niets anders te doen dan hen naar waarheid in te lichten. Het kwam er eenvoudig op neer dat oostelijk Colombia enorme gebieden omvatte waar het evangelie nooit doorgedrongen was. Leo XIII meende daar iets aan te moeten doen. Tegen het einde van zijn leven gelastte hij de Propaganda Fide een congregatie te vinden die bereid zou zijn om in dat deel van Colombia op verkenning uit te gaan en er toezicht op te houden. Vandaar de eigenaardige naam van de prefectuur. Niemand wist toen precies hoe groot dat oosten was. De enige duidelijke grenslijnen waren de Orinoco tussen Venezuela en Colombia, terwijl rivieren als de Meta en de Vichada de provincies van het land aangaven. Kortom, de Prefectuur van de Oosterse Intendance was een immens gebied van meer dan 350.000 vierkante kilometer, maar met minder dan 25.000 inwoners, verspreid over steppegebieden en oerwoud. Mgr. Herrera ried de missionarissen ten sterkste af daarheen te gaan vanwege de moeilijkheden die hun daar te wachten stonden. Het was naar zijn zeggen één groene woestenij, zonder ook maar één bestuurlijk centrum waar ze zich zouden kunnen vestigen en met een minimum aan veiligheid. In de grassavannen van het oosten waren maar weinig kolonisten. De Indianen hadden er in het begin van de twintigste eeuw geen vaste plaatsen, kenden geen landbouw en leefden wat de jacht, het verzamelen en vissen opleverde.

Afgezien van de immense omvang van het gebied was er nog een probleem. De pas benoemde missionarissen hadden niet naar Bogotá moeten komen, maar in Venezuela hun reis per rivierboot moeten voortzetten op de Orinoco tot de havenplaatsjes Carreno of Maipures, beide in de Vichada en beide bekend om hun onveiligheid. Wilden ze trouw aan hun opdracht blijven, dan moesten ze rechtsomkeer maken en naar de Vichada reizen via Venezuela en de Orinoco. Men kon daarover echter geen beslissing nemen, voordat ook de drie ‘Peruanen’ volgens afspraak in Bogotá zouden zijn aangekomen. Vanwege allerlei tegenslagen arriveerden zij pas eind december 1903. Tot aller verrassing deed mgr. Herrera toen het voorstel om een deel van zijn immens aartsbisdom af te staan aan de montfortanen, te meer omdat hij ontdekte dat de confraters uit Peru vloeiend Spaans spraken. Ten zuidoosten van Bogotà lag de prefectuur Llanos de San Martin, waarvan hij zelf administrateur was. Daar stonden de missieposten San Martin, Villavicencio en Médina leeg. De confraters hadden niet veel tijd nodig om een besluit te nemen. Zondag 31 januari 1904 verlieten ze Bogotá per muilezel en werden op 4 februari door een jubelende menigte in Villavicencio binnengehaald. Villavicencio was in die dagen weinig meer dan een dorpje aan de voet van de Andes. De streek was dun bevolkt en de gehuchten in het bergland waren alleen bereikbaar per paard of muilezel. Daarvóór werd de streek een kwart eeuw lang, van 1870 tot 1895, eens per jaar bezocht door een pater dominicaan, maar bij aankomst van de montfortanen was de bevolking al een tiental jaren volledig priesterloos geweest. Vandaar de jubelende menigte. Na enige tijd kwam een gunstig antwoord uit Rome. Moron bleef titularis van de Intendantia, maar ontving bij dezen zijn aanstelling als apostolisch prefect van San Martin. Op 21 april 1908 werden de twee prefecturen, Intendantia Orientalis en Llanos de San Martin, samengevoegd tot het Apostolisch Vicariaat Llanos de San Martin, dat op 22 juli zijn naam veranderde in Apostolisch Vicariaat Villavicencio. In hetzelfde jaar werd de toenmalige missieoverste mgr. Jean-Marie Guiot benoemd tot apostolisch vicaris.

            In de eerste jaren was de Colombiaanse stichting vooral een Franse aangelegenheid. Het eerste lid van de Nederlandse provincie dat voor Colombia benoemd werd na pater Damoiseaux, was broeder Martinus (Jozef Claessen), die zijn eerste geloften had gedaan in Schimmert op 28 december 1904. Hij vertrok in 1909 en werkte met grote toewijding dertien jaar lang in de parochie San Martin, totdat een ernstige aandoening hem dwong naar Nederland terug te keren. In 1912 volgde pater Jean Riga, die elf jaar zou werken in Bogotá, San Martin en Calvario, totdat ook hij wegens ziekte naar huis moest terugkeren. In 1914 kwam pater Piet Kok, een geboren Amsterdammer, die tot 1923 in de bovenmissie werkte en toen benoemd werd voor de Vaupes, waar hij belangrijk taalkundig werk verrichtte. Later zou hij hetzelfde doen in Mozambique. In oktober 1915 vertrok pater Clemens Pijls naar Colombia. Hij mocht twee jaar werken in de parochie van Medina, waar hij, ondermijnd door de koorts, overleed in 1918. In 1916 lukte het pater Hubert Limpens net als zijn voorganger, ondanks de oorlog, zijn verre missie te bereiken. Hij was de eerste confrater die rechtstreeks vanuit Nederland voor Colombia benoemd werd. De toename van Nederlandse montfortanen in Colombia onder de Eerste Wereldoorlog had te maken met het feit dat een aantal Franse confraters in eigen land onder de wapenen waren geroepen. In 1916 arriveerde pater Henri Preenen. Hij werkte in San Martin, Uribe en Acacias. Vooral Uribe stond bekend als een zware missie; veertien jaar bracht hij daar door in verschrikkelijke eenzaamheid. De enige afwisseling was de jaarlijkse retraite in Villavicencio. Daar onbrak hij nooit. Na afloop steeg hij dan weer, in de woorden van een confrater, ‘in het zadel van zijn stevige muilezel om te verdwijnen in de bossen op weg naar Uribe, een tocht van 5-6 dagen’. Het waren allemaal tabaksboeren daar. Toen de staat belasting begon te heffen op hun oogst, gingen ze weg en werd Uribe een bandietennest. In 1937 ging Preenen naar het minder eenzame Acacias, waar hij in december 1941 zou overlijden.

Op 7 juni 1912 beval Pius X in de encycliek Lacrimabili Statu het missiewerk onder de haast uitgeroeide Indianenstammen van Zuid-Amerika zeer aan. Hij vroeg speciale aandacht voor de rechtsverkrachting die ze ondervonden van de kant van ‘de beschaafde wereld’. Nog in datzelfde jaar vertrokken de Franse pater Baron en pater Damoiseaux vanuit het bovengebied naar het zuidoostelijke grensgebied van Colombia. De weg door de binnenlanden bleek een onmogelijkheid. Ze reisden daarom via de Magdalenarivier tot aan de Carïbische Zee om vervolgens via de Atlantische Oceaan, voorbij Venezuela, de Guyana’s en een deel van Brazilië, te reizen tot Para Belem aan de mond van de Amazone. Vervolgens voeren ze via de Amazone, de Rio Negro en de Vaupes weer in westelijke richting. De duur van de reis spreekt boekdelen. In 1912 vanuit San Martin in de bovenmissie van Colombia vertrokken, kwamen de twee pioniers in 1914 aan in het plaatsje Cupin aan de rivier de Papuri. De naam Cupin werd door hen vervolgens omgedoopt tot Montfort-Papuri. Daarmee begon de montfortaanse missie in de ‘legendarische Vaupes’, het ‘epos bij uitstek van de Nederlandse provincie’ zoals mgr. Bruls, oud-bisschop van Villavicencio en provinciaal overste van de montfortanen in Colombia, het in 1977 bij een herdenkingsdienst voor pater Herman Leistra uitdrukte.

‘Het was de zwaarste missie van de Nederlandse provincie vanwege de moeilijke bereikbaarheid en het leefmilieu, aan de rand van de groene hel. Men wist nooit hoe lang de reis zou duren, maar het was altijd een kwestie van zes of zeven weken, en bij tegenspoed kwamen er nog een paar weken bij. Was men eenmaal op de plaats van bestemming, dan kwam de druk van de eenzaamheid, want de paters leefden alléén op hun post, en het gebrek aan conversatie. Aan de Rio Papuri, waar de missionarissen zich gevestigd hadden, woonden geen blanken, alleen Indianen. Dat was voor de missionering eigenlijk een voordeel. Maar het had ook tot gevolg dat de missionaris praktisch alleen was. Want de arme, onderontwikkelde Indianen wisten over niets anders te vertellen dan over de vissen welke zij die dag gevangen hadden, en over het wild dat ze gezien hadden in het bos. De rivier en het woud, verder reikte hun horizon niet. En zo elke dag, het hele jaar door, jaren achtereen, tot aan de volgende vakantie’.

Ze moesten hun missiewerk beginnen met de Indianen op te zoeken in het oerwoud, waar deze samenleefden in een zogenaamde maloca, een grote woonhut, gemaakt van boomstammen, palmbladeren en lianen. Deze malocas lagen tientallen kilometers van elkaar. Missionering was onder die omstandigheden vrijwel onmogelijk. Het eerste doel van de missie werd dan ook de mensen bijeenbrengen in dorpjes met een eigen woning voor iedere familie. Men is daar uiteindelijk in geslaagd ten koste van veel moeite en teleurstellingen. In 1918 kwamen ook de eerste Dochters der Wijsheid naar Vaupes om zich er te wijden aan onderwijs en ziekenzorg. Op 13 april van dat jaar kregen de montfortanen in Vaupes van staatswege rechtsmacht in hun missiegebied. Zij zouden tevens optreden als tussenpersonen in de handel en zich verzetten tegen het wegvoeren van Indiaanse werkkrachten naar de rubberplantages. Dit riep vanzelfsprekend protest op bij de blanke rubberzoekers, die vervolgens een lastercampagne opzetten tegen de paters. Dit leidde in 1920 tot een formele opstand tegen de missie, die als gevolg hiervan leegliep op enkele schoolkinderen na. Uit wraak werden de kerk en het woonhuis van de paters in brand gestoken.